然而，去年7月1日环保产业开始实施增值税新政后，众多企业普遍的感受却是税负不减反增。在过去的300天左右的时间里，环保企业试图通过全国工商联政策建议、行业联合建言、人大常委会专题质询，以及媒体喊话等方式，向财政部、国家税务总局、发改委、建设部和环保部等相关部委反映问题。

但是，这些问题在财政部部长楼继伟看来却并不是普遍现象。楼继伟认为环保业增值税新政实施后，总体来看企业并没有过多地增加负担。鉴于第三方治理和PPP模式的推进，越来越多的污水处理企业已经市场化，因此需要增值税链条完整，能够抵扣，这是环保业必须实施营改增的根本原因。

2015年6月12日，财政部和国家税务总局印发了《资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录》（财税[2015]78号）(以下简称“78号文”)。文件规定，自2015年7月1日起，要对污水、垃圾、污泥处置劳务和再生水征收增值税，前三者享受退税比例70%，再生水退税50%。

此前，污水、垃圾、污泥处置劳务和再生水一直实行免税政策，“78号文”的出台，意味着免税政策被取消。

文件一出，立刻引发众多环保企业担忧。成都市兴蓉环境股份有限公司董事长杨光表示，按照增值税新政计算，他们企业当年的增值税和所得税净增加额将达到2800万元，“将是一个巨大的利空”。“污水处理一向是保本微利的行业，现在又加上增值税，一大块利润就流掉了。”柏林水务中国控股有限公司副总经理刘阿蕾也表示，环保行业要想往前发展，国家应该在政策层面给予支持。

不过，财政部财政科学研究所专家在接受采访时则表示，要把“78号文”放在完善增值税制度，形成增值税完整抵扣链条的大背景下来分析，它有利于促进环保产业的良性循环。如果依然延续免税政策，企业就不能获得进项发票进行抵扣，长远看反而会制约污水处理企业的进一步市场化。

对此，E20环境平台首席合伙人傅涛认为，政策出台的初衷肯定是支持产业发展，但由于过去污水处理行业的交易结构和收费体系中大部分没有算入增值税的环节，使得增值税新政加大了产业的负担，打破了产业发展的均衡。

“78号文”出台后，环保产业一直试图通过各种途径，建议主管部门对其进行调整。

2015年8月21日，环境商会发布《关于完善污水垃圾处理行业增值税政策的建议》，建议针对污水垃圾处理存量项目制定过渡期政策，降低污水垃圾处理增值税税率，明确返还时间，退还相关附加收费。同时，还应在污水垃圾处理行业全产业链完善营改增政策。

该建议显示，2014年污水垃圾处理整体收益率一般仅为8%-10%，根据对2014年全国污水处理行业281家规模以上企业的财务分析，有57家出现亏损，占比20%，亏损金额达3.84亿元。而实施增值税新政后，污水垃圾处理行业整体收益率将再下降两个百分点，意味着在原来微利的基础上又减少了一部分利润。

几乎同时，E20环境平台也联合30余家环境企业发布了《关于<资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录>的建议》，提出免征或低税率征收增值税、区分新老项目进行征收、明确“即征即退”的时间限定、即征即退的增值税免征所得税、增加政策实施缓冲期、出台实施细则、启动地方水价调价及补贴机制和完善处罚制度等8项建议。

2015年8月29日，在十二届全国人大常委会第十六次会议联组会议上，全国人大常委王毅也曾就此问题专门向楼继伟询问相关情况，财政部给出的解释则是营改增是推进环保企业向市场化、专业化转型的重要工具。“出台这个政策的时候我们财税两家是经过广泛的调研，也算了账，总体上说财政可能会减收。”楼继伟说，“目前有一些叫苦的，主要是市政单位，因为他们不专业化运作，没有开增值税发票的需求，直接就排掉了，而且长期享受免税政策，这些单位目前对政策调整还不太适应。”

针对楼继伟的回答，E20环境产业研究院执行院长薛涛表示，“78号文”实际并没有起到楼继伟所说“鼓励市政设施运营的市场化转型”的目的，污水处理企业一般都已跟政府签订了固定的价格，本次税负调整后想从政府获得价格补偿非常困难。在PPP落地难的背景下，“78号文”将挫伤社会资本对政府契约精神的信心和合作意愿。

目前，“78号文”已经实施9个多月，有企业反映，部分地区存在“只征不返”或返税不及时的现象。

今年1月，E20环境平台发起“78号文增值税收缴、返还情况”的调查。结果显示，确有部分地区存在未返还或返还不及时的情况。例如，由于“78号文”的目录对工业固废列举不全面，结果导致一些地方税务机关对目录中未列举的工业固废品类不予享受增值税退税70%的政策，使得企业最终实际税负高达16.5%左右，成本大幅增加。

此外，也有部分城市的税务工作人员由于对新的文件政策不熟悉，或是业务不熟练等原因，导致增值税退税70%返税不及时，影响到了环保企业的现金流，以及项目的再投资。

“整体来讲，中国的污水处理服务费大约比实际成本低了10%，本来水价就没到位，78号文实施后更是雪上加霜。”碧水源董秘何愿平表示。

4月12日，国务院新闻办就全面推开营改增试点有关情况举行吹风会，国家税务总局副局长汪康表示，增值税对核算的要求很高，如果企业操作得规范，运用得好税负就会下降；但如果企业仍是粗放式管理、不规范运作，税负就不能保证一定是下降，因为该抵扣的不能享受到抵扣。

财政部副部长史耀斌也表示，财政部、国家税务总局已经要求所有财税干部帮助培训企业的财务人员，理解好如何在新的增值税机制之下申报纳税，以免出现误解、误判或者人为制造出一些税负增加的情况。